Séquençage génétique à haut débit. Source: National Cancer Institute
Alors que le Royaume-Uni, le Brésil, le Japon et l’Afrique du Sud font face à de nouveaux variants du virus SARS-CoV-2, potentiellement plus contagieux, la surveillance génomique s’intensifie au Québec.
Le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) coordonne, à l’échelle de la province, le séquençage des virus prélevés chez les personnes atteintes de la COVID-19 avec le Centre de génomique de McGill. En « décryptant » ainsi l’intégralité du génome de certains virus en circulation, les scientifiques peuvent déceler les nouvelles souches, repérer les mutations et mieux comprendre la propagation de l’épidémie dans la province.
Sandrine Moreira, responsable de la coordination génomique et de la bio-informatique au LSPQ, nous explique en quoi consiste la surveillance génomique.
Québec Science: Comment se déroule la surveillance des différentes souches du virus au Québec?
Sandrine Moreira: L’effort de séquençage a commencé relativement tôt, dès avril 2020. L’objectif au départ était de comprendre d’où venaient les souches retrouvées au Québec, de retracer l’histoire des introductions et d’étudier les éclosions.
Tous les sites qui pratiquent des tests diagnostiques au Québec (il y en a aujourd’hui 80) envoient les échantillons positifs dans une biobanque à Chicoutimi. Certains de ces échantillons sont sélectionnés pour être séquencés. On séquence environ 5% des échantillons mais nous avons révisé nos objectifs pour atteindre 10%, afin de repérer rapidement les nouveaux variants en circulation.
