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Ce nouveau variant qui a émergé en novembre est surveillé de près par les autorités sanitaires à travers le monde. Deux cas ont été détectés au Canada.
Qu’est-ce que le variant Omicron?
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) surveille attentivement le variant Omicron (B.1.1.529). Il a été rapporté pour la première fois le 24 novembre en Afrique du Sud. Il a été repéré dans un spécimen récolté le 9 novembre. Bien que l’on ait signalé sa présence sur le continent africain, les données préliminaires ne semblent pas montrer jusqu’à présent qu’il soit originaire de l’Afrique du Sud, qui a en place un solide système de surveillance des variants. Il est possible que le variant soit passé sous le radar dans d’autres pays.
Selon les séquences génétiques analysées, Omicron ne serait pas une variante du Delta (voir la branche en rouge pour Omicron sur l’arbre phylogénétique). Le variant possède 86 mutations, dont une cinquantaine observées pour la première fois combinées de la sorte. Une trentaine de mutations affectent la protéine S (spike protein), qui est la clé utilisée par le virus pour s’accrocher à nos cellules. Certaines mutations présentées par Omicron préoccupent les experts de la santé, car cela pourrait donner une meilleure capacité à réinfecter un hôte ou à passer outre le système immunitaire. On ignore pour l’instant son niveau de contagiosité. C’est pourquoi les autorités sanitaires surveillent attentivement la rapidité de sa transmission parmi la population. (Voir cette hausse rapide des infections causées par Omicron en graphique) La situation est suffisamment sérieuse pour que les ministres de la Santé du G7 se réunissent d’urgence à ce sujet.
Causera-t-il une plus grande sévérité de la maladie?
Pour mieux cerner cette question, il faudra continuer de surveiller, pendant les prochaines semaines, le nombre de personnes infectées et d’hospitalisations. Les données au sujet d’Omicron sont encore trop préliminaires pour comprendre à quel point il est menaçant ou non. Pour l’instant, le variant semble entraîner des symptômes bénins, selon la présidente de l’Association médicale sud-africaine. Il ne s’agit toutefois que d’une seule observation. Encore une fois, il faudra attendre plusieurs semaines avant d’en avoir le coeur net.
Jusqu’à présent, en date du 29 novembre, le variant Omicron a été détecté dans une douzaine de pays dont le Pays-Bas, le Royaume-Uni, l’Afrique du Sud, l’Australie et le Canada. Deux cas ont été signalés en Ontario.
D’après Sandrine Moreira, responsable de la coordination génomique et de la bio-informatique au Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ), ces deux voyageurs canadiens seraient arrivés par le Québec. « Ils ont été détectés grâce au S-gene drop out du test de dépistage utilisé au laboratoire. Ces deux cas ont ensuite été confirmés par séquençage », explique-t-elle. Le S-gene drop out signifie « l’abandon du gène S » qui code pour la protéine S. Comme pour le variant Alpha, Omicron présente une mutation particulière du gène S (69-70del), qui se trouve dans l’une des trois zones scrutées par les tests PCR. Cela signifie que la progression d’Omicron peut être bien suivie par ces tests sans devoir attendre les analyses de séquençage complètes.
« Il n’est vraiment pas beau ce variant [Omicron]. Heureusement que nous avons les moyens de le détecter », souligne la responsable du LSPQ.
La couverture vaccinale à l’échelle mondiale n’est pas à la hauteur
Comme avec les nouveaux variants, il est difficile de prévoir la trajectoire de l’infection d’Omicron. Selon différents experts qui se sont prononcés sur le réseau social Twitter, l’apparition de ce variant ne plongera pas le monde dans un scénario similaire au tout début de la pandémie, car les vaccins offrent toujours une protection contre la maladie s’ils sont combinés avec d’autres mesures préventives tels que le port du masque et la distanciation sociale.
Even if Omicron can do a better job at evading vaccine (and infection) derived immunity – which is likely – this will not be a reset back to March 2020. Infections have been rampant and ppl have been vaccinated. Both of these will help prevent disease should Omicron take off. https://t.co/UWRBfQa7b6
— Michael Mina (@michaelmina_lab) November 28, 2021
ICYMI: Omicron has already arrived in a neighborhood near you. Relax, get vaccinated/boosted, keep that mask on for a bit longer and remember this is not a reset to March 2020. We have vaccines & can make new ones quickly, more treatments are coming & our key job is health equity
— StefanieFriedhoff (@stef_friedhoff) November 28, 2021
Par contre, si le Québec et le Canada affichent un taux de vaccination élevé (76,3% des Canadiens), il n’en est pas de même ailleurs sur la planète où le taux est de 42,7%.
« Au niveau mondial, la proportion de la population vaccinée est vraiment faible. Plus il y a de cas, plus il y a des risques de voir des variants apparaître », indique Gaston De Serres, médecin épidémiologiste à l’Institut national de la santé publique (INSPQ). Avec le vaccin, le virus a moins d’occasions de créer des variants, car les personnes guérissent plus rapidement et éliminent le virus. Au contraire, les non vaccinés peuvent potentiellement être malades plus longtemps et transmettre le virus à un plus grand nombre de personnes. « Ce qui signifie plus d’événements où le virus se réplique, plus de chances de mutation et plus de chances d’évolution. Ce qui nous inquiète est d’avoir un variant qui mute tant et si bien que les vaccins actuels ne fonctionnent plus », ajoute le spécialiste de l’INSPQ. Pour le moment, rien n’indique que les vaccins ne soient pas efficaces. Il faudra attendre de nouvelles données.
Pourquoi l’a-t-on appelé Omicron?
L’OMS utilise l’alphabet grec pour distinguer les variants du virus SRAS-CoV-2. C’est ainsi qu’en suivant l’ordre de l’alphabet grec, il y a eu Alpha, Beta, Gamma, Epsilon, Delta… Alors que l’on croyait que ce nouveau variant allait être nommé Nu, la lettre venant après Mu (Mu a été détecté en août), l’organisation a opté pour Omicron. Ce faisant, elle a donc « sauté » les lettres Nu et Xi, qui peuvent être des termes confondants (Nu pouvant être confondu avec le terme « new » en anglais et Xi étant un nom de famille commun).
