Image: Felipe Esquivel Reed (Wikicommons)
Les mécanismes permettant au virus SRAS-CoV-2 d’échapper à notre système immunitaire sont nombreux. L’intrus ne se gêne pas pour inhiber directement certains de nos mécanismes de défense…
Entre un virus et son hôte se trame une sorte de compétition sans fin. À mesure que le système immunitaire évolue pour combattre le virus, le virus développe de son côté des mécanismes sophistiqués pour échapper à la vigilance du système immunitaire.
Le SRAS-CoV-2 n’échappe pas à la règle. En plus de produire des variants capables d’échapper aux anticorps, il parvient à entraver directement nos mécanismes de défense. Et les scientifiques commencent tout juste à saisir l’ampleur de cet arsenal, qui pourrait jouer un rôle croissant, à ce stade de la pandémie, dans le processus d’infection.
« Au début de la pandémie, les chercheurs se sont concentrés sur la protéine S, ou spicule, qui permet au virus d’entrer dans nos cellules. Mais le virus n’est pas un spicule géant! Il est bien plus qu’une clé qui entre dans la serrure : il a un très grand génome, c’est un monstre », souligne Andrés Finzi, professeur en immunologie à l’Université de Montréal et chercheur au Centre de recherche du CHUM.
Au total, le grand génome du SRAS-CoV-2 lui permet de produire 16 protéines non structurales (qui servent à la réplication, à l’assemblage, etc.), 4 protéines de structure (dont la protéine S) et 9 protéines « accessoires » qui mettent en fait des bâtons dans les roues du système immunitaire. Pas si accessoires que ça, donc!
« On a beaucoup surveillé les mutations de la protéine S. Mais le génome viral mute aussi ailleurs. Ces mutations permettent au virus de faire sa job [pirater nos cellules pour se répliquer] plus rapidement et de réduire le temps d’incubation », reprend Andrés Finzi. Une récente étude a ainsi calculé que la période moyenne d’incubation était passée de 5 jours avec le variant Alpha à 3,42 jours avec Omicron.
Si les mutations de la protéine S peuvent faciliter la liaison au récepteur et l’entrée dans les cellules, des chercheurs de l’Université du Maryland viennent de démontrer « que les mutations dans des protéines accessoires peuvent avoir une influence sur les symptômes. » Elles pourraient notamment les prolonger, selon les auteurs, ce qui augmenterait la durée de transmission. Cette étude publiée dans Proceedings of the National Academy of Sciences a été menée chez des souris, avec des virus synthétisés en laboratoire qui présentaient différentes combinaisons de mutations dans les gènes accessoires et dans le gène de la protéine S.
Le maître de l’évasion
L’adaptation du virus n’est pas nouvelle, bien sûr, et elle se fait de manière continue. Avant toute chose, rappelons qu’un virus n’est pas intelligent; il n’a pas de plan de match ni de stratégie. En fait, le SRAS-CoV-2 mute constamment, comme tout virus, et certaines mutations lui permettent parfois de se transmettre mieux et d’infecter plus facilement les cellules humaines. Ces mutations sont alors favorisées par la sélection naturelle; et se répandent chez les descendants.
L’évolution la plus étudiée est donc la mutation – ou plutôt les mutations – de la protéine S, le « pic » qu’il affiche à sa surface et qui est détecté par la plupart des anticorps. C’est aussi la seule partie du virus reconnue par les anticorps générés par la vaccination, puisque c’est cette protéine que l’on reproduit avec les vaccins à ARN. En changeant en permanence, par endroits, la composition de cette protéine, le virus change en quelque sorte la carte d’identité qu’il présente au système immunitaire : celui-ci le reconnaît moins bien, et le laisse davantage passer. C’est ce qu’on appelle « l’évasion ».
Et c’est loin d’être tout. Le SRAS-CoV-2 a plus d’un tour dans son sac. Il parvient aussi à altérer la réponse antivirale du corps. « En jetant des sortes de grenades, le virus bloque la capacité des cellules infectées à déclencher l’alarme », résume Andrés Finzi. On sait notamment que plusieurs de ces grenades, des protéines « accessoires » comme ORF7 ou ORF8, bloquent la production d’interférons. Les interférons sont des molécules d’alarme produites en tout début d’infection, notamment dans les muqueuses. Fin 2021, une étude parue dans Nature constatait que le variant Alpha, apparu dès décembre 2020, avait déjà « appris » à produire davantage certaines protéines lui permettant d’entraver la réponse immunitaire.
Le SRAS-CoV-2 échappe aussi à la surveillance immunitaire en perturbant ce qu’on appelle « la présentation de l’antigène ». L’antigène, en l’occurrence, c’est un morceau de virus. Pour mettre en branle la réponse immunitaire, nos lymphocytes doivent reconnaître les antigènes – c’est-à-dire les intrus. Ils ne peuvent les détecter que si d’autres cellules les leur « présentent », un peu comme sur un plateau. Ces cellules, nommées en toute logique « cellules présentatrices d’antigènes », ont à leur surface des petits « plateaux » — des protéines appelées « molécules du complexe majeur d’histocompatibilité » ou CMH. « Des études récentes ont montré que certaines protéines du virus nuisent au CMH », ajoute Andrés Finzi. Autrement dit, elles interfèrent avec la production de « plateaux » et en réduisent le nombre … En ayant moins d’occasion de se faire présenter l’intrus, les lymphocytes sont moins réactifs.
De nombreuses autres interactions ont lieu entre les molécules issues du SRAS-CoV-2 et le système immunitaire. Les comprendre permet d’anticiper autant que possible le visage des futurs variants.
