Photo : Portis Imaging/Alamy Stock Photo
La consommation élevée d’antibiotiques dans les fermes d’élevage favorise l’apparition de bactéries résistantes… et menaçantes pour la santé humaine. Comment changer les pratiques ?
Selon un sondage national publié en 2022, les deux tiers (68 %) de la population canadienne connaissent le terme « résistance aux antibiotiques ». Toutefois, ce sujet est généralement abordé dans le contexte de notre système de santé, ce qui néglige une source importante d’antibiorésistance : l’élevage. Au Canada, les animaux de ferme – 22 fois plus nombreux que les êtres humains – consomment plus de 80 % des antibiotiques ! Cela représente un peu plus de 1000 tonnes de ces médicaments par année, selon le rapport de 2022 du Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens.
Selon d’autres données de 2022 comparant une trentaine de pays européens au Canada, ce dernier figurait au 4e rang pour la quantité d’antibiotiques utilisés chez les animaux d’élevage, en tenant compte du nombre d’animaux et de leur poids.
Le problème, c’est que ces animaux consomment des antibiotiques identiques à ceux qui sont utilisés en médecine humaine ou très proches d’eux. Si bien qu’une bactérie résistante à un antibiotique vétérinaire sera également insensible au médicament humain. Or, dans les élevages, l’utilisation élevée et parfois inappropriée des antibiotiques favorise l’apparition de bactéries antibiorésistantes potentiellement dangereuses à la fois pour les animaux et nous-mêmes.
« C’est un enjeu massif ! » lance Dominic Poulin-Laprade, chercheuse scientifique chez Agriculture et Agroalimentaire Canada. Alors, pourquoi utilise-t-on autant d’antibiotiques vétérinaires ? Tout d’abord, parce qu’on en donne encore à titre préventif à des animaux sains, alors que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande depuis 2015 de ne plus le faire.
Ainsi, on en administre à des bêtes en santé lorsque quelques individus de l’élevage sont atteints d’une maladie contagieuse. Ou lors de périodes de vulnérabilité. Par exemple, chez le porc, « on en donne à la truie lors de la mise bas, puis aux jeunes mâles lors de la castration et surtout à toute la progéniture lors du sevrage », explique Dominic Poulin-Laprade.
En outre, jusqu’en 2018, au Canada, on pouvait ajouter des antibiotiques à faible dose à l’alimentation des animaux dans le but d’accélérer le gain de poids (ce qui se produit par divers mécanismes physiologiques). Après l’interdiction de cette pratique, la vente d’antibiotiques a chuté de 10 %, et elle est restée généralement stable depuis, avec quelques variations selon le type d’élevage.
Si le Québec a mis en place d’autres mesures restreignant l’usage de ces médicaments il y a plusieurs années, les autres provinces ont traîné la patte. Et toutes ont encore du chemin à parcourir. Les autorités agroalimentaires augmentent présentement leurs efforts pour une meilleure « antibiogouvernance », un néologisme du ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ).
Or, pour agir efficacement, il faut ajouter le facteur environnemental aux éléments animaux et humains, et traiter les trois comme les composantes d’un ensemble global. C’est l’approche Une seule santé préconisée par l’OMS.
Résistances !
On parle d’antibiorésistance lorsque des bactéries deviennent insensibles à un ou à plusieurs antibiotiques. Toutes les bactéries peuvent acquérir ce type de résistance : les bactéries inoffensives ou pathogènes pour les humains ou les animaux aussi bien que celles présentes dans l’environnement.
De plus, ces micro-organismes sont capables de transférer à d’autres leurs gènes conférant une antibiorésistance, ce qui mène à la propagation de celle-ci d’une souche à une autre. Plus on utilise d’antibiotiques, plus on favorise les bactéries résistantes, en éliminant celles qui y sont sensibles.
Une approche globale
L’environnement est en effet propice aux échanges microbiens entre animaux et êtres humains. Par exemple, le fumier et le lisier épandus dans les champs peuvent contenir des bactéries antibiorésistantes excrétées par les animaux, qui risquent de contaminer des récoltes, le cas le plus inquiétant étant celui des légumes et des fruits consommés crus.
Ces déjections peuvent également contenir des antibiotiques, qui contribueront à sélectionner des bactéries du sol résistantes. Même si celles-ci ne sont pas nécessairement pathogènes, elles ont quand même la capacité de transmettre à des bactéries infectieuses les fragments d’ADN leur conférant cette résistance. De plus, le ruissellement des eaux de pluie risque d’entraîner antibiotiques et bactéries vers une source d’eau potable ou un lac destiné à la baignade.
Cela dit, « il n’y a pas de consensus scientifique sur le risque réel de ces mécanismes sur la santé humaine, fait valoir Hugo Plante, vétérinaire au MAPAQ. Cependant, il est clair que les élevages, l’environnement et la population humaine sont des vases communicants en ce qui concerne la résistance aux antibiotiques ». Autrement dit, même si le risque n’est pas quantifié, il faut s’en préoccuper.
Au Canada, l’approche Une seule santé fait intervenir plusieurs organismes tels que l’Agence canadienne d’inspection des aliments, Santé Canada, Environnement et Changement climatique Canada, Pêches et Océans Canada. Sans compter les partenaires provinciaux et ceux du secteur privé ! Sur le plan national, le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) consiste à suivre l’évolution de l’antibiorésistance au Canada, notamment en surveillant les chaînes agroalimentaires, depuis des fermes sentinelles d’élevage, dont une vingtaine sont au Québec, jusqu’aux magasins d’alimentation.
Le Québec contribue à l’effort collectif avec, entre autres, le Programme québécois d’antibiosurveillance vétérinaire, coordonné par le MAPAQ. Il consiste à effectuer des analyses de prélèvements sur des animaux malades ou morts. Les résultats sont colligés dans le Rapport de la surveillance de l’antibiorésistance, régulièrement mis à jour. « Globalement, je suis rassurée sur la situation et sur ce qu’on fait au Québec, déclare Julie-Hélène Fairbrother, vétérinaire au MAPAQ et coautrice du rapport. Mais certaines bactéries [résistantes à plusieurs antibiotiques] retiennent notre attention. »
C’est le cas de la salmonelle Dublin, qui peut aussi infecter les populations humaines. « Elle nous a fait peur quand elle est arrivée des États-Unis par les bovins, il y a une douzaine d’années », relate Jean-Philippe Roy, professeur à la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. Et pour cause : elle résiste à cinq antibiotiques sur les sept disponibles – dont un sur les deux de dernier recours. « Heureusement, peu de troupeaux sont touchés chaque année », dit le scientifique.
Quelques pistes d’action pour utiliser moins d’antibiotiques vétérinaires
- La prévention des maladies : vaccination, diminution de la densité d’animaux ou meilleure ventilation des locaux d’élevage pour limiter la contagion, meilleur souci du bien-être animal, meilleure gestion du fumier et du lisier.
- De meilleurs diagnostics. Les nouveaux tests d’identification de bactéries par leur ADN sont plus rapides que ceux nécessitant des cultures bactériennes : 2 jours au lieu de 5 à 7. Et moins chers ! On vérifie donc plus vite et plus facilement si une bactérie est en cause. On administre alors le meilleur antibiotique contre elle, au lieu d’un antibiotique moins ciblé en patientant pour les cultures.
- Un suivi précis de l’utilisation des antibiotiques. Le MAPAQ travaille à monter un système de suivi des ventes d’antibiotiques aux différents utilisateurs, dont les lieux d’élevage. Son déploiement est prévu d’ici 2027. « Ça nous permettra de connaître les quantités d’antibiotiques utilisées dans chaque ferme et par type de production, dit Hugo Plante. Ainsi, on recensera les tendances d’utilisation et on trouvera des pistes d’amélioration. »
- Une meilleure coordination de l’antibiogouvernance. L’approche Une seule santé exige de rassembler des partenaires de milieux différents. « Une partie des efforts consiste à ne plus travailler en vase clos, à établir des relations de confiance et un langage commun », explique Dominic Poulin-Laprade. « Nous avons monté un groupe de travail réunissant des scientifiques, des vétérinaires, des producteurs, etc., pour établir nos priorités autour d’une vision commune », ajoute Hugo Plante, du MAPAQ.
La modération avant tout
La priorité, c’est de réduire le recours aux antibiotiques, ce qui signifie les utiliser uniquement quand c’est nécessaire et éviter les usages non prescrits, comme soigner une diarrhée avec un antimicrobien recommandé contre une maladie respiratoire. « Au Canada, depuis 2018, pour obtenir un antibiotique, un producteur doit absolument avoir une prescription d’un médecin vétérinaire. Au Québec, c’est le cas depuis 1984 ! dit Jean-Philippe Roy.
L’Ordre des médecins vétérinaires a aussi imposé une formation à tous ses membres sur l’usage judicieux des antibiotiques. On sensibilise aussi les producteurs. » Dans le milieu de l’élevage, on prend le problème au sérieux, mais « les producteurs se plaignent [d’être désavantagés] parce que la viande importée, comme le bœuf brésilien, n’est pas toujours soumise aux mêmes exigences », ajoute M. Roy.
De plus, en 2019, le Québec a instauré un règlement, qui a maintenant un équivalent au fédéral pour préserver l’efficacité des antibiotiques de catégorie 1, soit d’importance critique en médecine humaine. On ne peut désormais les prescrire qu’en thérapie, et non plus en prévention, et uniquement après avoir démontré le manque d’antibiotiques efficaces dans des catégories de moindre importance.
Ce genre de restriction met toutefois en lumière un autre problème : la faible diversité des antibiotiques autorisés au Canada. « Dans le cas des mammites bovines [une inflammation du pis], on dispose ici de seulement deux antibiotiques efficaces, dont un de catégorie 1. En pratique, on se retrouve alors avec un seul antibiotique pour traiter toutes les infections, peu importe la bactérie », déplore Jean-Philippe Roy.
On surutilise donc certains antibiotiques, alors qu’ils ne sont pas forcément les meilleurs contre l’agent infectieux en cause. Or si un antimicrobien ne terrasse pas complètement ou assez rapidement les bactéries qu’il cible, il laisse une chance à celles qui possèdent une faible résistance d’en acquérir une plus forte.
Les États-Unis et l’Europe ont un plus grand choix d’antibiotiques, car leurs marchés sont plus grands et les compagnies pharmaceutiques sont prêtes à payer les frais pour y faire homologuer leurs antimicrobiens. Autres problèmes limitant la diversité de notre arsenal antibactérien vétérinaire, selon le scientifique : les compagnies pharmaceutiques ont un retour sur investissement 20 fois plus élevé en médecine humaine qu’en médecine vétérinaire.
Elles préfèrent également investir dans les vaccins plutôt que dans les antibiotiques. Enfin, la recherche de nouveaux antibiotiques en général semble en panne depuis 20 ans. Les plus récents sont habituellement des antibiotiques déjà sur le marché, dont on a légèrement modifié la structure chimique.
Pour contourner l’antibiorésistance, la recherche s’oriente aussi vers des traitements antimicrobiens nouveau genre, comme les bactériophages, ou non utilisés en médecine humaine, comme les bactériocines. En attendant, la meilleure approche reste de réduire l’utilisation des antibiotiques, en santé animale comme en santé humaine.
Deux santés liées par un antibiotique
Au début des années 2000, le PICRA relève une augmentation de cas de salmonellose Heidelberg résistante au ceftiofur chez la volaille et à son homologue chez les humains, la ceftriaxone. On pointe alors du doigt son utilisation en prévention dans les couveuses. En réaction, l’industrie en cesse volontairement l’utilisation. Résultat : le nombre d’infections résistantes diminue, tant chez l’animal que dans la population humaine.
Puis, l’industrie réintroduit le ceftiofur. À nouveau, augmentation des cas dès 2013, diminution de l’utilisation de l’antibiotique et forte réduction du nombre de cas. Ce contrôle de la résistance au ceftiofur « est vraiment une success story dont on parle encore à ce jour », se réjouit Dominic Poulin-Laprade.
Toutefois, on peut s’étonner de l’utilisation d’un homologue vétérinaire de la ceftriaxone, qui était déjà catégorisée à l’époque comme « d’importance très élevée pour la santé humaine » et contre laquelle on avait observé de la résistance dès 2002. Et surtout de sa réintroduction après une première flambée d’antibiorésistance. « Historiquement les antibiotiques étaient perçus comme un outil de développement économique. La science n’était qu’un des critères considérés parmi, entre autres, les intérêts des parties prenantes ou les prix à l’épicerie », explique la scientifique.
