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Une équipe suisse a voulu savoir comment Omicron échappe au système immunitaire.
Depuis son émergence mondiale en décembre 2021, Omicron a rapidement délogé le variant Delta qui causait alors la majorité des infections. Les variants Omicron (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5) et leurs sous-lignées n’ont pas fini de terrasser nos défenses immunitaires.
Selon les données de l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) datant du 26 juin, ces variants sont responsables de la quasi-totalité des infections actuelles. Du côté des réinfections, impossible d’avoir un portrait fiable étant donné que le dernier état de la situation date du 1er janvier 2022, quand Omicron progressait parmi la population. L’INSPQ fait savoir que « la compilation s’effectue présentement et que cela devrait prendre encore quelques semaines » avant d’avoir un nouvel état à jour des réinfections.
Si on a déjà eu la COVID-19, qu’est-ce qui fait en sorte qu’on est vulnérable face à Omicron? Des scientifiques de Genève, en Suisse, ont examiné l’interaction entre le virus et les anticorps. Depuis le début de la pandémie, cette équipe a récolté des anticorps de 120 patients ayant eu l’infection (ou étant doublement vaccinés) ainsi que des particules virales provenant de plusieurs variants du SRAS-CoV-2. L’objectif était de comprendre si les anticorps générés par une première infection ou par la vaccination peuvent ensuite neutraliser une prochaine infection.
« Nous avons constaté que les anticorps produits lors d’une première infection par le variant Alpha ou Bêta conféraient une bonne protection immunitaire contre les autres variants, mais moins pour Omicron », remarque Isabella Eckerle, professeure et virologue à l’Université de Genève. Son équipe et elle ont mené des tests de séroneutralisation. Ces tests déterminent la concentration d’anticorps nécessaire pour neutraliser les particules virales. Les résultats sont parus dans Nature Communications.
« Omicron est très doué pour échapper à l’immunité existante », ajoute la chercheuse, qui est également responsable du Centre pour les maladies virales émergentes aux Hôpitaux universitaires de Genève et à la faculté de médecine de l’Université de Genève (UNIGE-HUG). Selon les résultats obtenus par l’équipe suisse, la capacité de neutralisation est légèrement meilleure chez les personnes vaccinées que chez les personnes ayant eu uniquement l’infection naturelle.
La chercheuse souligne que nos anticorps ne sont pas en défaut; c’est plutôt qu’Omicron utilise des astuces pour échapper au système immunitaire et qu’il a la capacité d’évoluer très rapidement. « Nous voyons que chaque variant du virus qui surgit possède des mutations qui peuvent échapper à l’immunité existante. » Isabella Eckerle fait un parallèle avec le virus de la grippe, qui mute chaque année en surmontant l’immunité acquise dans le passé. Le problème avec SRAS-CoV-2, c’est qu’il procède à des mutations tous les 3 à 6 mois.
« D’autres scientifiques croyaient qu’après Delta, le virus avait épuisé toutes ses astuces et qu’il ne pouvait pas devenir plus contagieux. Mais nous voyons que c’est encore possible avec Omicron », souligne la chercheuse.
C’est aussi le constat de chercheurs d’Afrique du Sud qui suspectent plus de 100 000 cas de réinfections dans un bassin de 2 millions de personnes. Dans leur étude publiée dans Science, ils observent que les cas de réinfections étaient plutôt faibles pendant les vagues causées par Bêta et Delta. Mais le portrait est tout autre avec Omicron, qui a la capacité d’échapper aux défenses immunitaires malgré une infection antérieure.
Le spectre des variants
Au moment de la publication de l’étude d’Isabella Eckerle, les variants comme BA.2 et BA.5 ne circulaient pas encore parmi la population. Son équipe continue de récolter des anticorps provenant de patients infectés pour procéder aux mêmes observations de neutralisation. Cependant, contrairement aux premières vagues, elle souligne qu’il est beaucoup plus difficile de dresser un portrait de l’infection chez un individu. Les anticorps retrouvés chez une personne ont-ils été générés par la vaccination, une ou deux infections ou tout cela à la fois? « Aujourd’hui, nous ne pouvons plus être certains du nombre de fois qu’une personne a été infectée. Ce sera beaucoup plus compliqué de faire ce genre d’études, car nous ignorons les façons dont les personnes ont été exposées au virus. »
Si l’été semblait représenter une période d’accalmie du côté des infections, BA.5 pourrait bousculer les choses. Au Québec, BA.5 et ses sous-lignées étaient responsables de 42,6% des cas positifs en date du 26 juin. En Australie, qui est aux prises avec des infections provoquées par les variants BA.4 et BA.5, les autorités de la santé publique craignent des taux de réinfection élevée chez les personnes vaccinées ou ayant déjà souffert de la maladie. Selon l’Australian Health Protection Principal Committee, les réinfections « peuvent survenir dès 28 jours après la guérison d’une infection précédente par la COVID-19. » Plusieurs cas de réinfections ont été observées même chez les personnes ayant déjà eu Omicron. Fait rassurant, les personnes vaccinées restent toutefois protégées contre les complications dues à la COVID-19.
La hausse des infections un peu partout dans le monde peut à la fois s’expliquer par les adaptations du virus au fil des mutations qui déjouent le système immunitaire, et par le relâchement des mesures sanitaires. Selon un épidémiologiste interrogé par Nature, « en dehors de l’Asie, la plupart des pays ne font pas grand-chose pour lutter contre le SRAS-CoV-2. L’augmentation et l’éventuelle diminution des cas de BA.4 et BA.5 seront presque entièrement dues à l’immunité de la population. » Jusqu’à présent, les données préliminaires indiquent que BA.5 ne provoque pas plus d’hospitalisations que d’autres variants.
Ce qui inquiète aussi Isabelle Eckler est la possible arrivée d’une forte vague de grippe. C’est ce qui se passe actuellement en Australie. « Si nous avons à faire face à une vague de COVID-19 et de grippe en plus, cela pourrait être un problème en milieu hospitalier où il manque beaucoup de personnel. »
Un vaccin efficace contre les variants?
Dans la course aux vaccins, les compagnies Pfizer-BioNTech et Moderna sont arrivées au fil d’arrivée avec leurs vaccins à ARN. Le vaccin de la compagnie américaine Novovax (connu sous le nom Nuvaxovid au Canada et Adjuvanted aux États-Unis) à deux doses peut être administré aux plus de 18 ans qui n’ont pas encore été vaccinés.
Contrairement aux vaccins à ARN, celui de Novovax est un vaccin à sous-unités protéiques. Il fonctionne de la même façon que les vaccins contre la grippe, par exemple, où l’on utilise des fragments du virus pour déclencher une réponse immunitaire.
Les données préliminaires concernant l’efficacité du vaccin Novovax sont encourageantes, même contre le variant BA.5. Wayne A. Marasco, conseiller de la FDA et professeur de virologie et d’immunologie du cancer au Dana-Farber Cancer Institute, indiquait au Washington Post se demander si « nous ne sommes pas en train d’assister à une certaine limitation des vaccins à ARN, qui ne semblent pas avoir une protection aussi étendue. »
