Les variants : pourquoi on en parle, ce qu’on redoute

Les « variants », ces versions du SARS-CoV-2 ayant acquis des mutations génétiques favorisant potentiellement leur transmission ou réduisant l’efficacité vaccinale, sont au cœur de l’actualité ces jours-ci. État des lieux.

Trois variants principaux font les manchettes (et sont l’objet de nombreuses prépublications scientifiques), car ils semblent se répandre rapidement dans plusieurs pays. Bien qu’ils possèdent chacun leur identité génétique, ils ont en commun une ou plusieurs mutations qui pourraient leur conférer un avantage évolutif. Ce peut être, par exemple, de faciliter la liaison entre la protéine S (les pics à la surface du virus qui servent à infecter nos cellules) et sa cible (le récepteur ACE2 qui constitue la porte d’entrée de nos cellules).

• Le B.1.351 (ou 501Y.V2) a émergé en Afrique du Sud. Détecté en octobre 2020, il arbore notamment une mutation appelée E484K qui semble lui permettre en partie d’échapper aux anticorps développés chez les personnes vaccinées ou infectées auparavant par d’autres souches de SARS-CoV-2. Il serait environ 50% plus transmissible que les souches précédentes.
• Le B.1.1.7 (ou VOC-202012/01) : il aurait émergé en septembre au Royaume-Uni, c’est le mieux étudié de tous. Il pourrait être de 50 à 70% plus transmissible que les autres versions du virus, selon des résultats préliminaires. Il possède plusieurs mutations touchant la protéine S, qui favoriseraient son accrochage sur nos cellules, en particulier une mutation nommée N501Y, qu’il partage avec le variant sud-africain. >>> Lire aussi Cinq questions sur le variant britannique.
• Le P.1 : détecté au Japon chez des voyageurs en provenance du Brésil début janvier, il possède 12 mutations sur la protéine S, dont la mutation E484K, particulièrement redoutée. Il fait actuellement des ravages à Manaus, où les trois quarts de la population avaient pourtant déjà contracté le virus dans les mois précédent.

Sans surprise, ces différents variants vont continuer de muter. C’est d’ailleurs ce qui vient d’être observé par l’agence de santé publique britannique. Elle a repéré chez une cinquantaine de patients des variants de type B.1.1.7 ayant acquis à leur tour la mutation E484K, qui pourrait permettre d’échapper à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale.

Tous les variants détectés sont recensés dans la base de données publique mondiale GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Database). De nouveaux émergent constamment, à l’instar du « californien » CAL.20C (doté d’une mutation L452R) qui pourrait expliquer la résurgence des cas à Los Angeles.

Au Canada, 148 cas de COVID-19 causés par le variant B.1.1.7 ou le B.1.351 ont été confirmés début février dans tout le pays, selon la D^re Theresa Tam, administratrice en chef de l’Agence de la santé publique du Canada.

Pourquoi maintenant?

L’émergence de mutations n’est pas nouvelle : ces petites « erreurs » génétiques s’accumulent depuis le début de la pandémie au rythme de une à deux par mois– ce qui est plutôt bas. Cependant, jusqu’au mois de décembre, les milliers de variants en circulation ne semblaient pas se comporter différemment les uns des autres.

Mais les trois principaux variants jugés « inquiétants » semblent être plus transmissibles que la version « historique » du coronavirus, la souche de Wuhan. Ils sont rapidement devenus dominants dans les régions où ils ont émergé. Cette dominance ne suffit pas à conclure à leur plus grande transmissibilité : elle pourrait être le fruit du hasard ou d’une épidémie très active.

Plusieurs études menées sur des animaux et in vitro sont en cours pour évaluer un éventuel gain de contagiosité. « Les outils de modélisation nous aident aussi, en vérifiant si la réalité s’aligne sur les prédictions ou si les cas augmentent plus que prévu », a expliqué Sylvie Briand, directrice du Département des pandémies et épidémies de l’Organisation mondiale de la santé lors d’un webinaire sur le sujet tenu le 3 février. Pour l’instant, aucun de ces variants ne semble associé à une forme plus grave de la maladie ou à une mortalité accrue, bien que ces aspects soient également en cours d’étude.

Pourquoi ces nouveaux virus émergent-ils maintenant? « Il y a plusieurs hypothèses, comme la sélection naturelle pour échapper aux anticorps, le fait qu’ils se soient répandus par hasard lors d’événements de superpropagation, facilitant leur dissémination […], ou encore leur émergence lors d’infections persistantes », a énuméré Sylvie Briand. Chose certaine, la multiplication des cas au niveau mondial est un terreau fertile pour l’apparition de nouvelles souches, simplement au gré du hasard. Plus il y a de gens infectés, plus la diversité génétique du SARS-CoV-2 s’accroît.

Le virus pourrait aussi évoluer plus vite en réponse à l’immunité croissante de la population. Les mutations favorisant la transmission mais aussi les réinfections (et donc donnant un nouveau « visage » au virus) pourraient être sélectionnées par l’évolution au fil du temps.

Selon une autre hypothèse, les infections chroniques, qui persistent plusieurs semaines et surviennent chez des personnes ayant un système immunitaire affaibli, auraient pu, elles aussi, laisser le temps au virus de se transformer.

Risque de mortalité (mise à jour 5 février): Dans un article en pré-publication, des scientifiques de la London School of Hygiene and Tropical Medicine ont calculé que le risque de décéder en cas d’infection avec le variant B.1.1.7 est accru de 35% par rapport au risque associé aux variants historiques. Ces données préliminaires ne permettent pas de dire si le variant est intrinsèquement plus virulent ou s’il est plus mortel uniquement car il infecte davantage de personnes à risque. Le risque relatif de mortalité pour un homme de 85 ans passerait ainsi de 17% à 22% avec le nouveau variant, selon un article dans Nature.

Quelles sont les conséquences?

Le risque principal, s’ils sont effectivement plus transmissibles, est une accélération de l’épidémie dans des régions où les hôpitaux sont déjà saturés. La fermeture des frontières et le durcissement des conditions de voyage mis en place par différents pays, dont le Canada, ont pour objectif de ralentir l’importation de ces variants. « Mais la vitesse à laquelle ces variants, déjà présents un peu partout, vont se répandre dépend surtout des occasions de superpropagation et du respect des mesures sanitaires. Ce qu’il faut rappeler, c’est que la transmissibilité de ces variants est peut-être accrue, mais le mode de transmission, lui, ne change pas. Les mesures d’hygiène et de distanciation restent donc efficaces », précise Sylvie Briand, de l’OMS.

De nombreuses études sont en cours pour tenter de mieux comprendre l’émergence et les effets des différents variants sur l’évolution de l’épidémie. « Quels sont les bénéfices adaptatifs conférés par les différentes mutations? Et quel impact ces changements auront-ils sur les tests diagnostiques, les traitements et l’efficacité des vaccins ? », s’interroge l’experte.

L’efficacité des vaccins contre ces variants est en effet une inquiétude importante. En mutant, le virus change légèrement de structure. Les « leurres » utilisés dans les vaccins (la protéine S), calqués sur les anciennes souches du SARS-CoV-2, peuvent donc manquer de précision et ne pas susciter une réponse immunitaire aussi puissante contre les nouvelles souches.

Ceci dit, les vaccins approuvés semblent rester efficaces contre le variant B1.1.7. En revanche, quelques études en prépublication laissent craindre que les anticorps induits par les vaccins à ARN seraient moins efficaces pour neutraliser le variant sud-africain, en raison de la mutation E484K. Ces études, comme celle-ci, conduite in vitro, avec du sérum de patients vaccinés et des « pseudo-virus », doivent être prises avec des pincettes.

L’immunité est en effet complexe, elle ne repose pas uniquement sur les anticorps, mais aussi sur des cellules immunitaires. « Je ne crois pas que nous devrions être trop inquiets quant aux vaccins, car une multitude d’anticorps sont générés contre de nombreuses parties du virus. Si une petite partie change, de nombreux anticorps pourront toujours se fixer sur le reste du virus et le neutraliser », a rappelé Mirella Salvatore, professeure de médecine et de santé des populations à l’Université Cornell, lors d’une session organisée fin janvier par la Société américaine des maladies infectieuses. Elle précise que les vaccins à ARN peuvent être adaptés assez rapidement si nécessaire.

Parallèlement, des données préliminaires transmises par les compagnies Novavax et Johnson & Johnson indiquent que leurs vaccins respectifs se sont montrés moins efficaces en Afrique du Sud que dans les autres pays où ont eu lieu les essais (Royaume-Uni notamment). Cela semble confirmer les observations in vitro mais il est encore tôt pour conclure.

L’importance du séquençage

Les tests PCR classiques ne permettent pas de distinguer les variants, anciens ou nouveaux. Il faut faire un séquençage complet du génome viral pour dresser le portrait des variants en circulation.

Les pays intensifient donc leurs programmes de séquençage autant que possible. Au Canada, on espère séquencer en routine de 5 à 10% des prélèvements positifs. Au Québec plus spécifiquement, le Laboratoire de santé publique de l’INSPQ a revu ses objectifs de séquençage à la hausse. « Dirigé par le Laboratoire de santé publique de l’INSPQ conjointement avec les Fonds de recherche du Québec (FRQ) et Génome Québec, le programme de surveillance des variants vise à séquencer 65 000 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 d’ici la fin de l’année 2021 », a annoncé l’organisme récemment.

 

>>> Lire aussi Le Laboratoire de santé publique surveille les nouveaux variants au Québec.

>>> Lire aussi La COVID-19 va-t-elle disparaître? 3 scénarios pour le futur.