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Il y a de ces décisions, parfois, qui vous font vous gratter la tête jusqu’à vous rendre chauve tant elles semblent dépourvues de toute logique. Celle de «tirer la plogue» sur le programme de détection du SRAS-CoV-2 dans les eaux d’égout, comme le Québec l’a fait en décembre dernier, me semble appartenir à cette catégorie.
La COVID-19, rappelons-le, a beau être une infection pulmonaire, environ la moitié de ceux qui l’attrapent vont excréter le virus (ou des morceaux du virus) en déféquant. Les méthodes de «lecture» des gènes sont de nos jours tellement sensibles qu’elles permettent non seulement de détecter le virus dans les eaux d’égout, mais aussi d’en mesurer l’abondance. Cela n’est pas facile à faire, il y a divers obstacles techniques à contourner, mais le jeu en vaut la chandelle : les eaux usées donnent une mesure objective de la progression du virus au sein d’une communauté, contrairement au dépistage par tests PCR, dont les résultats peuvent être faussés par l’intensité variable des efforts de détection ou par la collaboration, elle aussi variable, de la population (qui peut devenir moins encline à se faire tester). En outre, les premiers résultats de recherche obtenus à l’Université Yale, aux États-Unis, et aux Pays-Bas dès 2020 montraient que la méthode permet de déceler une hausse de la transmission environ une semaine avant que les PCR la signalent. Pas étonnant, donc, que beaucoup de pays se soient lancés dans cette voie.
Le Québec a initialement fait partie du nombre. Dès janvier 2021, des analyses d’eaux usées étaient faites à Montréal, à Trois-Rivières et à Québec, notamment, et le projet commençait à s’étendre à d’autres villes. Mais il s’est arrêté sec : les fonds ont été épuisés à la fin de l’an dernier et le ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS) a décidé de ne pas les renouveler. «Les résultats préliminaires de ce projet n’ont pas permis de conclure que la vigie des eaux usées, avec la méthodologie actuelle, serait un outil de détection précoce du SRAS-CoV-2», m’a indiqué le MSSS.
Il est vrai, quand on regarde les données produites par ce projet à Québec et à Montréal, que l’analyse des eaux usées n’a pas révélé clairement les hausses de cas avant le dépistage traditionnel — ce qui était, au départ, un des principaux «arguments de vente» de cette nouvelle méthode. Au Connecticut, où le projet de l’Université Yale a été implanté dans plusieurs villes après les résultats initiaux, les graphiques ne le montrent pas davantage; la surveillance des eaux usées y a d’ailleurs été abandonnée partout, sauf à New Haven, où se trouve l’établissement universitaire.
Mais cela me semble quand même une décision à très courte vue, car la technique a bien d’autres usages potentiels au-delà de la détection précoce. Ainsi, quand on observe les courbes publiées sur le site du CentrEau, on réalise qu’à partir de l’été 2021, comparativement aux vagues précédentes, le «signal» des égouts est devenu nettement plus fort par rapport au nombre de nouveaux cas, comme si une proportion plus grande des infections passait inaperçue. Était-ce parce que le virus circulait davantage chez les enfants et les adolescents, qui sont plus souvent asymptomatiques ou très peu symptomatiques, et qui subissent donc moins de tests? Ou cela traduisait-il une certaine lassitude dans la population, qui se serait moins fait tester même en présence de symptômes? Quoi qu’il en soit, c’est assurément le genre de chose qu’on VEUT savoir quand on doit gérer une pandémie − mais le gouvernement du Québec a décidé de se priver de ces informations.
En outre, la capacité du Québec à faire des tests PCR est complètement saturée depuis quelques semaines, au point où l’on doit maintenant restreindre l’accès aux PCR à certaines clientèles. Comme les tests antigéniques sont moins fiables, en plus d’être peu disponibles, et que leurs résultats sont rarement communiqués aux autorités publiques, cela signifie, ni plus ni moins, que le Québec n’est tout simplement plus capable de suivre la progression de l’épidémie sur son territoire autrement que par des indicateurs indirects (et loin d’être idéaux), comme le nombre de nouvelles hospitalisations. Décidément, elles seraient bien pratiques, les analyses d’eaux usées, ces jours-ci…
Et c’est sans compter le fait que le SRAS-CoV-2 a manifestement de beaux jours devant lui, si bien qu’on va devoir suivre sa progression à long terme. Or, c’est une évidence flagrante qu’on ne pourra pas effectuer 30 000 tests PCR chaque jour éternellement, comme on l’a fait en 2021. Comment surveillera-t-on alors la COVID-19?
Plus largement encore, l’analyse des eaux usées pourrait servir au suivi d’une foule d’autres virus et bactéries. C’est un formidable outil d’épidémiologie qu’on pourrait avoir sous la main pour étudier d’une manière inédite les dynamiques de transmission de plusieurs maladies.
Mais avec la fin de ce programme, il sera probablement difficile pour le Québec de recommencer à exploiter ces possibilités un jour. «Pour le moment, le personnel est toujours présent dans nos équipes, mais ça ne prendra pas longtemps avant qu’il aille voir ailleurs et l’expertise que nous avons bâtie en un temps record va disparaître», m’écrivait en décembre dernier Peter Vanrolleghem, le chercheur de l’Université Laval qui a dirigé la partie du projet portant sur la ville de Québec. «Les professeurs concernés auront encore l’expertise théorique, mais on ne récupérera pas les petites choses qui font qu’une technique de laboratoire fonctionne bien. […] Je ne comprends pas comment on peut manquer une telle occasion. C’est un cri du cœur que je lance…» Et que j’accepte bien volontiers de relayer.
